Dalam Flight of the Navigator, berusia 12 tahun David Freeman pergi hilang pada tahun 1978, hanya untuk muncul kembali pada tahun 1986. Dalam delapan tahun yang telah berlalu, ia belum berusia. Bukan kebetulan bahwa pada saat dia kembali, piring terbang ditemukan. David merasa misterius terhubung ke mesin yang fantastis …